Osmanlı'da çeşitli il ve ilçelere yayılmış misyoner okulları vardı. İngilizlerin 30, Fransızların 75, Amerikalıların 176 misyoner okulu varken, Ermenilerin 1145, Rumların 1584 okulu bulunuyordu.
Misyon sözcüğü Latince “missio” teriminden gelmektedir. Sözlük anlamı; görev ve yetki anlamına gelmektedir. “Misyonerlik = Hıristiyanlığı yayma faaliyetleri” gibi genel bir anlayışın doğmasına neden oldu. Hıristiyanlığın ilk dönemlerinde, propaganda ve dini yayma gayesi ile başlayan misyonerlik hareketleri, daha sonra siyasi ve ekonomik amaçlar doğrultusunda kullanıldı. Misyonerlik temelde dini bir faaliyet olmasına rağmen kullandıkları başlıca araçlar ise okul, matbaa, kitap, hastane gibi modern ve laik kurumlardı. Misyonerler bu kurumları ekonomik, siyasal ve kültürel etki ve yayılma aracı olarak kullandılar. Misyonerler sadece vâiz, papaz, din adamı, râhip ve râhibe olarak faaliyet göstermediler. Bunların yanı sıra misyonerler amaçlarına ulaşmak için; doktor, mühendis, öğretmen, teknisyen, yardım görevlisi gibi unvanlarla misyonerlik faâliyetinde bulundular. (Kocabaşoğlu, 2000: 14). Batı kültürünün, hayat tarzının Doğu’ya aktarılması ve Doğu toplumlarında Batı’da üretilen mallara talep oluşturulması için de kullanıldı (Özcan, 2013: 19-23).
1)Katolik Misyonerler
a)Conventuel (Konventuel) diye anılan bu rahipler, İstanbul’a gelen en eski Katolik misyonerlerdi b)Osmanlı topraklarında faaliyete başlayan diğer bir Katolik misyoner grubu ise Cizvitlerdi. Beş kişilik bir grup halinde Osmanlı Devleti’ne gelen Cizvit misyonerleri, 18 Kasım 1583 Kapitülasyonlardaki din ve eğitim serbestîlerini kendilerine göre yorumlayarak genişlettiler. Osmanlı topraklarında rahat bir çalışma ortamı buldular (Aydın, 2008: 26).
2) Protestan Misyonerler
Osmanlı Devletinde faaliyet gösteren ikinci grup misyonerler Protestanlardı. Anadolu’ya ilk gelen Protestan misyonerler Levi Parsons ve Pliny Fisk adlı Amerikan Misyonerlerdi. Bunlar 1820 yılında İzmir’e geldiler. Protestan misyonerlerin faaliyetlerinde en büyük desteği İngiltere ve ABD sağladı. American Board (ABCFM) Adlı Misyoner Örgütü American Board of Commissioners for Foreign Missions adlı misyoner gurup, Ermeni örgütleri maddi açıdan zayıf kaldıklarından özellikle Gregoryen Ermeniler arasında faaliyetlerinin yoğunlaştırdılar. Anadolu’da 1836 yılında 41 misyoner görev yaparken 1836–1844 arasında bu sayı 95’e yükseldi. Anadolu’daki Amerikalı misyonerlerin sayısı 1875’te 137’ye, 1890’da 177’ye 1913’te 209’a yükseldi. 1896 yılında Anadoludaki Amerikalı misyoner sayısı 176 iken bunlara yardımcı olarak çalışan yerli misyoner yardımcılarının sayısı ise 869’du (Günay, 2008:110; Gürün, 2010:). 1830 yılında imzalanan Türk-Amerikan ticaret antlaşması, 15 Kasım 1847’de Osmanlı Devleti’ndeki Protestanların ayrı bir dini cemaat olarak kabul etti. 1857 yılında da ABD Başkan temsilcisinin isteği üzerine, Müslümanlıktan Hristiyanlığa dönenlerin ölüm cezasına çarptırılmasının kaldırılması misyonerlerin Türkiye’deki çalışmalarını kolaylaştırdı. Misyoner örgütünün dünyâda gerek insan yönünden gerek parasal yönden en çok para harcadığı ülke Türkiye olmasına karşın, misyonerlerin asıl hedefi Yahudiler ve Türkler olmadı. Asıl hedef Türkiye’de yaşayan Hristiyanlar oldu. (Mazıcı, 2005: 19-21, 31). 1820–1893 yılları arasında Amerikan Board Örgütü, Osmanlı Devleti’nde 3 milyonu İncil olmak üzere 10 milyon adet dini kitap dağıttı; 550 misyoner gönderdi ve 10 milyon dolar harcadı. Buna karşılık çoğu Ermeni 60000 kişiyi Protestanlaştırdı. (Küçükoğlu, 2005) Ermeni tarihi ve kültürü üzerine dersler verilerek bağımsızlık duyguları uyandırılmaya çalışıldı. Ermenilere ulusal bilinç aşılanması sonucu Ermeni milliyetçiliği uyandırıldı. Okullar sayesinde Ermeniler arasında entellektüeller yetişmesi sağlandı. Ermeni isyanı safhasında okullarda yetiştirilen ihtilalcı Ermenilere silah yapımı dahi öğretildi (Dingeç, 2009: 39-40). Osmanlı İmparatorluğu’nun sınırları içindeki en etkin iki Amerikan kurumu Robert Koleji (İstanbul) ve Suriye Protestan Koleji (Beyrut)idi.Robert Kolej,Rothschilds ailesinin Fransa branşına mensup New Yorklu tüccar Christipher Rinlender Robert’in maddi katkısıyla 1863’te kurulmuştur. Yunan hükümeti İstanbul-Rum Patrikhaneleriyle iş birliği yapıp Anadolu’daki Rum azınlığı çoğaltmak için Rusya’nın güneybatısında ve Kafkasya’da yaşayan Rumlar’la birlikte Anadolu’nun diğer yerlerinde bulunan Rumları da bu bölgeye göç ettirerek 1904 yılında uydurulmuş bir Pontus Devleti’ni kurma fikrini ortaya attılar.1904 yılında Pontus Rum Cemiyeti’ni kuran Rumlar, Karadeniz bölgesinde faaliyetlerini arttırdılar.
Misyonerlik; kurumsal, planlı, programlı, dini faaliyetleriyle beraber siyasi ve idari gücü olan, zamana ve şartlara göre taktik değiştirebilen hiyerarşik yapıya sahip bir organizasyondur. Misyonerlik, din değiştirmenin yanında kimlik değiştirmeyi de esas alır. (Oymak, 2010: 12).
İslam’daki tebliğ ve irşat çalışmalarının temel amacı, insanların bir şekilde Müslümanlaştırılması değildir. Tebliğ’in amacı İslamî esasların insanlara duyurulmasıdır. Tebliğ ve irşad da zorlama, baskı ve yoğun propaganda yoktur. Müslüman olmaları için zorlamadılar ve onların dinlerini yaşamalarına müsaade ettiler. İslam ülkeleri eğitim ve kültür hatta kendi dilinde değil Arapça Kur’an okudular ama Hiristiyanlar kadar bilim ve kültürlerin yayamadılar. Bunun adı gittikleri ülkenin dine saygı gösterdilere çıktı. Bir Afrika’lı Müslüman kendi dilini geliştirmeyi bıraktı anlamadığı Arap’cayı hatmetmekle meşgul oldu. Arkada İslamı yayma girişiminde zayıf kaldılar ve arkalarında destekçi başka ülkeleri yoktu.
Osmanlı döneminde yoğun olarak faaliyette bulunan misyonerler, bunu Cumhuriyet Türkiyesi'nde de devam ettirmek istediler. Türkiye Cumhuriyeti Devleti'nde aynı ortamı bulamadılar. Zira, tam bağımsızlık ilkesinden hareket eden yeni Türkiye Devleti, milli ve laik özellikler taşıyordu. Bu yüzden anılan faaliyetlere izin verilmesi söz konusu olamazdı. Nitekim, Birinci Dünya Savaşı sonrası kazanılan Milli Mücadele hareketi sonrasında 24 Temmuz 1923 tarihinde imzalanan Lozan Antlaşması ile kapitülasyonlar ve Misyonerlik kaldırıldı ve yeni Türkiye Devleti'nin siyasi ve hukuki varlığı batılı emperyalist güçler tarafından tanındı.